네이버쇼핑 사건은 공정거래위원회가 플랫폼 기업의 자사우대 행위를 규제한 최초의 사례로서 주목을 받고 있다. 본 연구는 해당 사건에 대한 공정위의 위법성 판단의 내용 중에서 경쟁제한성 부분을 검토하였고 두 가지 문제점을 지적하였다. 첫째, 경쟁제한 효과가 발생한 것으로 추정되는 오픈마켓 시장의 경쟁상황에 대한 평가가 제대로 이루어지지 않았다. 본 연구에서는 관련 자료를 재구성하여 이를 다시 검토하였고 경쟁제한성 판단이 달라질 수 있음을 발견하였다. 둘째, 공정위는 경쟁사의 거래액 감소를 경쟁제한성의 주된 근거로 제시하였지만 실제 자료들을 확인해보면 거래액 감소는 발생하지 않았다. 거래액 점유율의 감소를 거래액의 감소로 간주한 것인데 이는 경제학적 관점에서 볼 때 경쟁제한성 판단의 충분한 근거가 될 수 없다. 향후 플랫폼 기업 등의 행위에 대한 경쟁제한성 판단에서는 이러한 문제점들이 발생하지 않도록 유의할 필요가 있다.