우리나라 인터넷 사용자의 대부분은 공인인증서를 발급받아 이를 이용해 다양한 업무에 사용하고 있다. 이런 이유로 공인 인증기관 및 보안관련 업체에서는 공인인증서를 사용자의 데스크톱(PC)에 저장하지 말고 USB메모리 및 휴대용 저장장치에 저장하고 사용하는 것을 권장하고 있다. 이런 노력에도 불구하고 공인인증서의 해킹은 지속적으로 발생하고 금전적 피해도 잇 따르고 있다. 또한, 우리 군에서는 보안상의 이유로 일반 사용자에게는 USB를 사용할 수 없게 하고 있다. 그러므로 본 연구는 사용자가 소유한 USB메모리와 PC의 고유정보를 이용한 이중 암호화(Two-factor)방식을 제안하여 일반 사용자에게 안전한 개인키 파일 관리방안을 제시하고자 한다. 나아가 이를 국방에 적용하여 중요자료의 생산 및 보관중인 비밀에 대한 외부유출 및 비인가자의 접근방지에 기여하고자 한다.